Фамилия Кусакова — женская форма от Кусаков, и её история начинается с прозвища Кусака. Самый прямой смысл: кусаками на Руси называли злых собак или других животных, которые бросались на людей. Перенесённое на человека, такое прозвище чаще всего указывало на неуживчивый, агрессивный нрав или язвительный язык.

Однако есть и менее очевидная версия. В тюркских языках (например, в киргизском) слово «куса» означает «тоска, печаль». Если основа действительно тюркская, то прозвище Кусака мог получить человек меланхоличный или задумчивый. Третья, совсем бытовая гипотеза связывает прозвище с пристрастием к кислой пище — «кусать» что-то кислое, но это скорее народное переосмысление, чем научная этимология.

Известно, что Кусаковы — старинный русский дворянский род. Родословная традиция возводит его к Дмитрию Ивановичу Кусакову. Род был записан в VI часть родословных книг, то есть относился к столбовому дворянству, и владел землями в Курской, Новгородской и Смоленской губерниях. Это даёт нам понять: предки носителей фамилии были не просто крестьянами или горожанами, а служилыми людьми, за которыми числились поместья.

Фамилия образована по стандартной русской модели: прозвище Кусака (с ударением, скорее всего, на второй слог) плюс типичный фамильный суффикс принадлежности -ов. В женском варианте — Кусакова.