Фамилия Кусакбаева — женская форма, мужской вариант — Кусакбаев. Она тюркского происхождения и образована по арабо-персидской модели, где к основе прибавляется компонент «бай», означающий в древнетюркском «богатый», «господин», «хозяин». В прошлом такие имена давали с пожеланием достатка и высокого положения, а позже они закрепились как фамилии.

Первая часть фамилии, «Кусак» (или «Кусакбай»), скорее всего, восходит к тюркскому слову «кусак» — «пояс», «кушак» или «ремень». В переносном смысле так могли назвать человека подтянутого, стройного, либо того, кто изготавливал пояса и сбрую. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «кусак» — «щенок» (в некоторых тюркских языках), что могло быть шутливым прозвищем.

Фамилия характерна для народов Средней Азии и Казахстана. Распространена среди казахов, башкир, татар. Суффикс «-ев» (вместо тюркского «-улы», «-кызы») — результат русификации фамилий в XIX–XX веках, когда при оформлении документов добавляли типичные русские окончания.

В отличие от многих русских фамилий, которые образованы от имени отца (Иванов — сын Ивана), Кусакбаева происходит от личного имени-пожелания. То есть предок носителя фамилии был назван Кусакбаем (Богатый поясом) или Кусаком, а его потомки, по тюркской традиции, стали Кусакбаевыми.

Встречаются варианты написания: Кусакбай, Кусакбаев, Кусакбаева. В дореволюционных записях можно найти форму «Кусакбаевъ».