Фамилия Куташкин образована по продуктивной модели с суффиксом -ин, который в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — Куташкин, то есть сын или потомок Куташки. Сама основа Куташк- восходит к неканоническому имени или прозвищу Куташка. Вопрос лишь в том, что означало это прозвище, и здесь есть несколько версий.

Самая вероятная — связь с диалектным глаголом «кутать». В говорах «кутать» означает укутывать, одевать слишком тепло, а «кутаться» — прятаться, заворачиваться. Прозвище Куташка могли дать человеку, который постоянно кутался в одежду, ходил зябко, либо тому, кто был нелюдимым и «прятался» от людей. В этом же ряду стоят фамилии Кутаев, Кутасов и Куташов, но Куташкин отличается уменьшительно-ласкательным суффиксом -шк-, который придаёт прозвищу оттенок скорее бытовой, нежели официальный.

Вторая версия выводит основу из тюркских языков, где «кут» означает счастье, благодать, удачу. В таком случае Куташка — это человек, которого считали счастливчиком, или же имя-оберег, данное в пожелание благополучной жизни. Однако для фамилии Куташкин эта версия менее убедительна: тюркские имена обычно давали более прямые формы (Кутаев, Кутуев), а уменьшительный суффикс -шк- типичен именно для русской народной среды.

Географически фамилия встречается в Поволжье и в центральных областях России, особенно в Мордовии и Пензенской области. Это указывает на то, что прозвище бытовало в среде крестьян и мещан, а не дворянства. Сословная принадлежность носителей была самой простой: Куташкины — потомки людей, которых в быту называли по характерной привычке или внешности. Фамилия не получила широкого распространения и осталась локальной, что делает её типичным образцом русской фамилии, возникшей из живого прозвища в деревенской среде.