Фамилия Кутако — яркий пример того, как по суффиксу можно почти безошибочно определить регион происхождения. Окончание -ко характерно для украинских и белорусских фамилий, особенно распространённых на Левобережной Украине (Черниговщина, Полтавщина) и в юго-западных областях Беларуси. В русской традиции такие фамилии часто русифицировали, добавляя -в, но Кутако сохранила исходную форму, что говорит о позднем или неполном переходе в великорусскую среду.

Основа фамилии — «кут». Это слово многозначно, и этимологу приходится выбирать между несколькими версиями. Самая прямая: «кут» в южнорусских и украинских говорах — это угол в избе, место за печью или отгороженный закуток для скота. Отсюда прозвище Кута мог получить человек, живший в такой части дома, либо тот, кто постоянно «кутался» — укутывался, прятался от холода. Вторая версия отсылает к «куток» — рыбацкий затон, заводь, где глушат рыбу. В таком случае предок мог быть рыбаком, знающим глухие места на реке.

Менее вероятная, но возможная трактовка — от тюркского «кут» (счастье, благодать). В древнерусских именах этот корень встречался (например, имя Кутлуг), но для фамилии Кутако такая версия слаба: суффикс -ко нехарактерен для тюркских заимствований, а прозвище из славянского диалекта выглядит естественнее.

Суффикс -ко в украинской ономастике мог выполнять две функции: уменьшительную (Кута — Кутако, «маленький Кута») или патронимическую, указывая на сына или младшего родственника человека с прозвищем Кута. Встречаются параллельные формы: Кута, Кутко, Кутаев. Фамилия Кутако — редкая, в списках массовых фамилий не фигурирует, что подтверждает её локальный, возможно, деревенский характер. Носители фамилии, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних сёл, где прозвище закрепилось за одним родом.