Фамилия Кутишенко образована от тюркско-татарского имени Кутиш. Оно является краткой формой имени Кутлыиш, которое состоит из двух компонентов: «кутлы» - «счастливый, благополучный» и «иш» - «друг, товарищ, ребенок». Таким образом, фамилия Кутишенко относится к числу тюркско-украинских фамилий.