Фамилия Кутишенко — одна из тех, где украинская форма соединяется с тюркским по происхождению корнем. В её основе лежит древнее тюркско-татарское имя Кутиш. Это не полное имя, а сокращённый, обиходный вариант от более сложного имени Кутлыиш, которое складывается из двух смысловых частей: «кутлы» (счастливый, благополучный) и «иш» (друг, товарищ, а в некоторых говорах — ещё и «ребёнок»). Имя Кутлыиш, таким образом, можно понять как «счастливый товарищ» или «благополучное дитя» — типичное для тюркской традиции имя-пожелание.

Разберём словообразовательную модель. Суффикс -енко — классический украинский патронимический показатель, означающий «сын» или «потомок». Фамилии на -енко массово формировались на территории современной Украины в XVI–XVII веках. Кутишенко — это буквально «сын Кутиша». Приставка -ш- в суффиксе (-иш-енко) — след адаптации тюркского имени к славянской фонетике: имя Кутиш дало основу Кутиш-, к которой добавили украинский суффикс.

Фамилия Кутишенко относится к числу тюркско-украинских: тюркское имя-основа, украинская модель оформления. Такие фамилии — живое свидетельство тесных контактов украинского населения с тюркскими народами (крымскими татарами, ногайцами, турками) на южных и юго-восточных рубежах. Носитель фамилии Кутишенко, скорее всего, потомок человека, которого в документах записали по имени отца — Кутиша. Кем был тот самый Кутиш? Судя по значению имени, он мог происходить из семьи, где ценили благополучие и дружеские связи, а по социальному положению — быть казаком, мещанином или крестьянином: тюркские имена в XVI–XVII веках встречались в самых разных слоях украинского общества, особенно в Запорожье и на Слобожанщине.