Фамилия Кутышенко образована по украинской модели с суффиксом -енко, который в XV–XVIII веках закрепился в Поднепровье и на Левобережной Украине как типичный патронимический: «сын такого-то» или «потомок такого-то». В основе лежит прозвище Кутыш или Кутыша, а оно, скорее всего, восходит к украинскому «кутити» — кутить, гулять, пировать, жить на широкую ногу. Прозвище Кутыш могли дать человеку весёлому, не слишком озабоченному завтрашним днём, любителю шумных застолий.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с диалектным «кут» — угол, тупик, а также часть хаты у печи (кут, куток). В этом случае Кутыша — тот, кто живёт в углу, на отшибе, или же человек, получивший прозвище по месту жительства: из Кутышей, то есть из глухого, отдалённого места. Однако суффикс -ыш в украинских прозвищах чаще указывает на деятеля или носителя свойства, а не на локацию, поэтому версия с кутежом выглядит убедительнее.

Фамилия довольно редкая. Её географический центр — Черниговская и Сумская области Украины, а также приграничные районы России (Брянская, Курская области). Именно там в XVII–XVIII веках активно формировались фамилии на -енко у казаков и крестьян. Кутышенко — потомок Кутыша, и предок носителя фамилии, судя по всему, был человеком заметным в своей общине: либо безудержным гулякой, либо, что тоже вероятно, удачливым казаком, которому прощали разгульный нрав.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Кутышев — великорусский вариант с суффиксом -ев, указывающий на сына или холопа Кутыша, а Кутышенко — украинский патроним, более поздний и прямо говорящий о родстве. Встречается также фамилия Кутыш, без суффикса, — она могла стать основой для обеих ветвей.