Фамилия Кутышев образована от тюркско-татарского имени Кутыш. Оно является краткой формой имени Кутлыиш, которое состоит из двух компонентов: «кутлы» - «счастливый, благополучный» и «иш» - «друг, товарищ, ребенок».