Фамилия Кутышева образована от тюркско-татарского имени Кутыш. Оно является краткой формой имени Кутлыиш, которое состоит из двух компонентов: «кутлы» - «счастливый, благополучный» и «иш» - «друг, товарищ, ребенок». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Кутышевых можно лишь на основании генеалогических исследований.