Фамилия Кутсебо — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение не стоит искать в типичных славянских моделях. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, которые указывали бы на принадлежность отцу или поместью. Это указывает на то, что перед нами, скорее всего, фамилия, застывшая в форме прозвища или иноязычного имени, которое не стали русифицировать.

Наиболее вероятная версия связывает Кутсебо с украинским или белорусским языком. В них слово «куцый» означает «короткий», «куцый», а «себо» может быть искажённой формой от «себе» (себя) или от глагольной основы «себ-» (как в «себе на уме»). Таким образом, фамилия могла родиться из прозвища «Куце себе», то есть «короткий сам по себе» или, в переносном смысле, «недостающий, неполноценный». Прозвища с корнем «куц-» давали людям невысокого роста, с короткой одеждой или с каким-либо физическим изъяном.

Менее распространённая, но тоже возможная гипотеза — тюркское происхождение. В языках тюркской группы есть слово «кут» (счастье, благодать) и «себ-» (любить), что в сочетании могло означать «любящий счастье» или «счастливый». Однако для такой фамилии более логичным было бы окончание на -ов или -ев, если бы её носители давно обрусели. Отсутствие суффикса говорит о том, что фамилия могла быть записана в документах «как есть», без переделки на русский лад, что типично для южных и западных регионов бывшей Российской империи.

Географически фамилия Кутсебо встречается крайне редко, в основном на Украине и в приграничных с ней областях России. Поскольку фамилия не получила широкого распространения, её носители, вероятно, были выходцами из одной небольшой местности, где прозвище закрепилось за конкретным родом. В сословном плане это, скорее всего, были крестьяне или казаки — именно в этих средах чаще всего сохранялись прозвищные фамилии без патронимических суффиксов.