Фамилия Куйшинова — яркий пример того, как географическая привязка и этническая среда напрямую формируют русскую фамилию. Вопреки распространённому мнению, её основа не связана с тюркским словом «куй» (лей, наливай) или глаголом «куйшить» (которого в литературном русском языке нет). Перед нами, скорее всего, патроним (фамилия по отцу), образованный от мужского личного имени Куйшын.

Наиболее убедительная версия возводит имя Куйшын к казахскому или башкирскому «ҡуйсы» — «пастух овец», «чабан». Суффикс -ын в тюркских языках часто придаёт значение принадлежности или уменьшительности, поэтому Куйшын могло означать «сын пастуха» или просто ласковое прозвище пастушонка. В пользу этой гипотезы говорит и ареал фамилии: Куйшиновы и Куйшиновы компактно проживают в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане — регионах, где веками соседствовали русские, башкиры и казахи.

Модель образования фамилии — классическая русская: к тюркской основе Куйшын добавили русский патронимический суффикс -ов, а затем женское окончание -а. То есть Куйшинова — это буквально «жена (или дочь) Куйшына». Мужской вариант — Куйшинов. Здесь нет суффикса -ин, как могло бы показаться на первый взгляд: основа заканчивается на твёрдый согласный «н», поэтому по правилам русской грамматики добавляется -ов, а не -ин.

Встречается и более редкая версия, связывающая фамилию с диалектным словом «куйша» — так в некоторых говорах называли глиняный горшок или чугунок. В этом случае Куйшинов — потомок человека по прозвищу Куйша, то есть горшечника. Однако эта гипотеза слабее: прозвища по предметам быта давали реже, чем по занятиям, а главное — она не объясняет устойчивого бытования фамилии именно в тюрко-русском пограничье.

Таким образом, предок современных Куйшиновых с высокой вероятностью был пастухом в степном Зауралье, а сама фамилия — немой свидетель многовекового культурного обмена между русскими и кочевыми народами.