Фамилия Куйтуклу — редкий случай в русском ономастиконе, и её разговор стоит начать не с корня, а с географии и этнического фона. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения, а не исконно русская. В русском языке нет суффикса -лу, который образовывал бы фамилии от славянских основ. Зато в тюркских языках — татарском, башкирском, казахском, азербайджанском — аффикс -лы/-лу (или -ли/-лыг) широко распространён: он прилагает к основе значение «имеющий, обладающий». Например, «куйтуклу» может значить «имеющий куйтук» или «тот, у кого есть куйтук».

Что такое «куйтук»? Точного значения в литературных языках нет, но в диалектах и говорах тюркских народов это слово могло означать «хвост» (сравните с «куйрук» в тюркских языках), «кончик», «отросток», а в переносном смысле — «хвостатый», «с хвостом». В таком случае прозвище Куйтуклу могли дать человеку с какой-то заметной особенностью: длиннополой одеждой, торчащим клоком волос или даже характеру — «вертлявый», «непоседливый» (как хвост). Возможен и другой вариант: «куйтук» — искажённое «куйт» или «куйты» (тюркское «овца», «баран»), тогда Куйтуклу — «овцевод», «пастух». Но это менее вероятно, так как форма с -лу обычно указывает на признак, а не на занятие.

Написание фамилии — Куйтуклу, а не Куйтуклы — подсказывает, что она могла прийти из азербайджанской или турецкой среды, где аффикс -лу застывает в такой форме. В татарских и башкирских фамилиях чаще встречается вариант -лы (например, Куйтуклы). Социально носители такой фамилии в Российской империи, скорее всего, были крестьянами или мещанами из тюркоязычных регионов — Поволжья, Приуралья, Крыма или Закавказья. В дворянские роды с таким окончанием фамилии попадали редко, если только через пожалование или татарскую аристократию.

Сравните с однокоренными: Куйтуков, Куйтуковский — это уже русские по форме, но с той же основой. Куйтуклу стоит особняком: окончание -лу сохраняет тюркскую модель словообразования, что делает фамилию маркером этнического происхождения предков. Если носитель фамилии сейчас живёт в России, скорее всего, его предки были татарами, башкирами или азербайджанцами, а сама фамилия — не переделка, а прямое заимствование. Фамилия редкая, в открытых базах данных встречается единично, что подтверждает её локальный и нестандартный характер.