Фамилия Кужагариев — редкий пример тюркско-русского словообразования, где казахская или башкирская основа соединилась с русским патронимическим суффиксом -ев. Корень фамилии восходит к мужскому имени Кужагар (вариант — Кожагар, Кужакбар). Первая часть имени, «кужа» или «кожа», в тюркских языках означает «господин», «хозяин» или «святой», а вторая, «гар» (от персидского «яр»), переводится как «друг», «товарищ», «помощник». Вместе имя Кужагар можно истолковать как «друг господина» или «спутник святого» — типичное для доисламской и раннемусульманской эпохи составное имя с пожеланием покровительства или знатного окружения.

Суффикс -ев указывает на то, что фамилия оформилась уже в русской канцелярской среде, скорее всего, в XIX — начале XX века, когда в ходе переписей населения и паспортизации тюркские имена записывали по русской модели. Если бы фамилия осталась в родной языковой среде, она звучала бы как Кужагаров или Кужагарулы. Форма на -иев (Кужагариев) встречается реже и может быть результатом искажения при записи либо диалектного произношения: в некоторых тюркских говорах конечный «у» звучит как «и».

Географически фамилия тяготеет к Оренбуржью, Башкортостану и северо-западному Казахстану — регионам, где веками соседствовали казахи, башкиры и русские переселенцы. Предки носителя фамилии с высокой вероятностью были скотоводами или мелкими торговцами, а имя Кужагар могло передаваться по мужской линии как родовое прозвище.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Кужаков, Кужанов, Кужагаров) показывает, что вариант с -иев — один из самых редких. В открытых базах данных фамилия почти не встречается, что делает её ценной для семейной истории: каждый носитель Кужагариева — носитель уникального следа, не размытого массовой миграцией.