Фамилия Кужербаева образована от мужского имени Кужербай, которое в свою очередь происходит от тюркского сложения «кужер» и «бай». Первая часть, «кужер», скорее всего, восходит к слову со значением «сила», «мощь» (в древнетюркском küč — сила, могущество). Вторая часть, «бай», — традиционный тюркский титул, означающий «господин», «богач», «хозяин». Таким образом, имя Кужербай можно перевести как «могучий бай» или «сильный хозяин». Фамилия закрепилась по патронимической модели: потомка человека по имени Кужербай стали называть Кужербаевым, а женщину — Кужербаевой.

Фамилия имеет ярко выраженный казахский и, шире, тюркский характер. Суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких согласных) — классический русский патронимический формант, который присоединялся к тюркским именам при русификации фамилий в XIX–XX веках. В самой казахской среде аналогичная фамилия звучала бы как Кужербайұлы (сын Кужербая) или Кужербайқызы (дочь Кужербая), но при записи в российских документах закрепилась именно форма на -ев.

Географически фамилия Кужербаева наиболее распространена в Казахстане, особенно в южных и западных областях, а также среди казахов, живущих в приграничных регионах России (Астраханская, Оренбургская области). Встречается она и у других тюркских народов, например у ногайцев или башкир, но в значительно меньшей степени. Поскольку имя Кужербай — составное и не относится к самым ходовым (вроде Аманбай или Досбай), носителей фамилии относительно немного, что делает её довольно редкой.

Сословная принадлежность первых Кужербаевых, скорее всего, была скотоводческой или крестьянской — среди кочевых и полукочевых тюркских народов «баями» называли зажиточных людей, но сама фамилия не указывает на аристократическое происхождение. Это типичная родовая фамилия, закреплённая за конкретным родом или аулом. В дореволюционных метрических книгах и переписях её могли записывать по-разному: Кужербаев, Кужербайев, а иногда и Кужирбаев — из-за особенностей произношения редуцированных гласных в тюркской речи.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Кужербаева стоит в одном ряду с Кужабаевым, Кужековым, Кужманом — все они восходят к именам с корнем «куж» (сила). Однако именно вариант Кужербай содержит редкий для тюркских имён элемент «ер» (муж, мужчина), который мог выпадать при адаптации. Таким образом, фамилия сохранила архаичную форму имени, где «куж» и «ер» слились в одно слово, усилив значение «могучий муж».