Фамилия Кужиманова — женская форма, а её мужской вариант — Кужиманов. В её основе лежит тюркское личное имя Кужиман (или Кужимам), которое, скорее всего, сложилось из двух частей: «кужы» (в некоторых тюркских языках — «ягнёнок», «овечка») и «ман» (суффикс принадлежности или уменьшительности). Есть и другая версия: первая часть может восходить к слову «куж» — «сила», «мощь». Тогда имя Кужиман означало бы «сильный человек» или «крепкий, как ягнёнок» (в переносном смысле — «выносливый»).

Суффикс -ов делает фамилию типичной для русской ономастики XIX века, когда тюркские имена массово адаптировали в патронимы. Если бы фамилия закрепилась в другом регионе, она могла бы звучать как Кужиманов или Кужиманович, но форма на -а получила распространение, вероятно, из-за женского окончания в документах.

Географически Кужимановы чаще встречаются в Поволжье и на Южном Урале — в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской области. Это указывает на башкирское или татарское происхождение. В этих краях имя Кужиман фиксировалось ещё в XVIII веке среди крещёных татар и башкир, переходивших в православие: тогда им давали русские отчества, а исконное имя становилось основой фамилии.

Редкость фамилии объясняется тем, что исходное имя Кужиман не было широко распространённым даже в тюркской среде. Оно могло быть прозвищем — например, так называли пастуха, который пас ягнят, или, наоборот, человека с мягким, «овечьим» характером. В любом случае, носительница фамилии Кужиманова может с высокой вероятностью считать своими предками крещёных тюрков южноуральских степей, принявших русскую фамильную систему в XIX веке.