Фамилия Кужнерова — женская форма мужской фамилии Кужнеров, и её ключ — в основе «кужнер». Это слово не встречается в современных словарях русского литературного языка, но оно хорошо известно в диалектах и в истории ремёсел. Вероятнее всего, «кужнер» — вариант слова «кузнец» или «кузнец-ремесленник», обрабатывающий металл. Переход «зн» в «жн» — явление нередкое в говорах (сравните: «поздно» и диалектное «пождно»). Так что предок-носитель фамилии был кузнецом, причём, скорее всего, на юге или юго-западе России, где подобные фонетические сдвиги встречаются чаще.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским словом «күжнәр» (сила, мощь) или с каким-либо местным прозвищем. Однако в русской ономастике прозвища от названий профессий — самый массовый источник фамилий, а кузнечное дело было повсеместным. Поэтому версия с кузнецом — основная и самая правдоподобная.

Суффикс «-ов» указывает на принадлежность: Кужнеров — сын Кужнера, то есть потомок человека с таким прозвищем. Фамилия образована по стандартной модели русского патронимического типа. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении: возможно, фамилия закрепилась в одном-двух сёлах или среди переселенцев из определённой губернии.

Если посмотреть на географию современных носителей, фамилия Кужнерова встречается в основном в Поволжье и на Урале. Это косвенно подтверждает версию о южнорусских корнях: в XVIII–XIX веках многие мастера и крестьяне с юга переселялись на восток, осваивая новые земли. Таким образом, предки Кужнеровых могли быть кузнецами, переехавшими за Урал в поисках работы или по указу о заселении окраин.

Однокоренных фамилий с таким же корнем почти нет — это делает Кужнеровых отчётливо отличимыми: если вы встретили человека с такой фамилией, перед вами, скорее всего, потомок кузнеца из южнорусского региона, который сохранил редкое диалектное произношение профессии.