Фамилия Кужнёв — редкий пример, где корень и суффикс вступают в спор. Если отбросить типовое окончание -ев, остаётся основа Кужн-. Она явно не от имени Кузьма (там было бы Кузьмин или Кузнецов), и не от слова «кузня» (тогда ожидался бы суффикс -ев при безударной основе). Ключ к разгадке — беглый гласный ё: в косвенных падежах он выпадает (Кужнёв — Кужнева). Такое чередование характерно для прозвищ, образованных от существительных с суффиксом -ень, -унь или от глагольных форм с -н-.

Самая вероятная версия: Кужнёв восходит к прозвищу Кужень или Кужунь. В русских говорах «кужень» — это вялый, сонный человек, а также нечто сморщенное или сжатое. В ономастике известна фамилия Куженев (с тем же корнем), но форма Кужнёв указывает на более короткую основу — возможно, от диалектного «кужня» (неуклюжий, мешковатый человек). Географически фамилия тяготеет к западным и южным областям России: по данным переписей, Кужнёвы встречаются в Брянской, Смоленской и Ростовской областях, что косвенно подтверждает связь с южнорусскими говорами, где слово «кужень» бытовало.

Менее правдоподобна гипотеза о связи с тюркским корнем «куж» (сила, мощь) — для неё нет ни суффиксального подтверждения, ни исторических записей. Также не стоит путать фамилию с Кужновым (от реки Кужны в Мордовии) — там иная модель образования и другой ареал.

Таким образом, предок носителя фамилии Кужнёв, скорее всего, получил прозвище за медлительность или нерасторопность — в крестьянской среде такие меткие характеристики давали без злобы, по-соседски. Фамилия сохранила редкий беглый гласный, который и отличает её от более частых однокоренных вариантов.