Фамилия Кужникова — женская форма фамилии Кужников, а та, в свою очередь, образована от прозвища Кужник. В основе лежит слово «кужня» или «кужан», которое в курских и орловских говорах означало «кузница» (от «кузня»). Человек по прозвищу Кужник — это кузнец, либо владелец кузницы, либо просто тот, кто при ней жил или работал.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе «Кужник» добавили патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Кужника). То есть Кужниковы — это потомки кузнеца по прозвищу Кужник. Интересно, что в этом слове произошла характерная для южнорусских говоров замена: «кузня» превратилась в «кужня» через озвончение глухого «з» перед звонким «н» и смягчение. В результате фамилия звучит по-особому, и её корень не сразу опознаётся как «кузнечный».

Встречается фамилия преимущественно в Курской, Белгородской и соседних областях — там, где диалектная форма «кужня» была в ходу. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и ремесленников с прозвищем Кужник, но достоверно связать их с конкретными носителями фамилии сегодня сложно.

Среди однокоренных фамилий — Кузнецов, Ковалёв, Кужлев. Но Кужников стоит особняком: она сохранила редкую диалектную черту, которая для современного уха звучит неожиданно. В этом её ценность — как застывший отпечаток живой народной речи, где кузница была «кужней».