Фамилия Кузибаев — одна из тех, что ставят перед исследователем загадку с первого взгляда. Корень «кузи-» не похож ни на типичное славянское имя, ни на очевидное прозвище. Ответ лежит на стыке тюркских языков и русской патронимической модели. Скорее всего, в основе лежит мужское имя Кузибай, которое в свою очередь сложено из двух частей: «куз» (тюрк. «глаз», «взгляд», «примета») или «кузы» (в ряде диалектов — «ягнёнок», «барашек»), и «бай» — титул богатого или уважаемого человека, хозяина. Таким образом, имя Кузибай могло означать «зоркий (приметный) господин» или, по другой версии, «владелец ягнят» — прозвище зажиточного скотовода.

Модель образования фамилии — классическая для тюркских народов, вошедших в состав Российской империи: к основе на согласный добавляется русский патронимический суффикс «-ев» (вариант «-ов» после шипящих и мягких согласных). Кузибай + ев = «сын Кузибая». Такие фамилии массово фиксировались у башкир, татар, казахов и других народов Урало-Поволжья и Средней Азии в XIX — начале XX века, когда проводилась официальная перепись и русификация имён.

Географически фамилия Кузибаев сегодня наиболее плотно представлена в Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, а также в Казахстане. Это указывает на регион расселения башкирских и казахских родов, где имя Кузибай было распространено. Встречаются и варианты написания: Кузибаев, реже Кузибайев или Кузебаев (с чередованием гласных в первом слоге, характерным для тюркских говоров).

Социальный контекст прост: предки носителей фамилии — не дворяне и не духовенство, а свободные скотоводы, земледельцы или воины (башкиры и казахи долгое время несли пограничную службу). Фамилия не имеет отношения к русскому слову «куз» (кузнец) или «кузен» — это чистый тюркизм, адаптированный русской грамматикой. Если искать однокоренные фамилии, то это Кузибаев, Кузибай, Кузибайулы (у казахов) — все они восходят к одному и тому же личному имени.