Фамилия Квачахия — редкий случай, когда географическое происхождение почти очевидно, а вот корень вызывает споры. Это грузинская фамилия, и её окончание -ия (в грузинском — -ია) — верный признак западной Грузии, в первую очередь Мингрелии и Гурии. Такие фамилии на -ия, -уа, -ава характерны для мегрельского и лазского языковых ареалов.

С основой сложнее. Самый прямой путь — от мегрельского слова «квача» (ქვაჩა) — «камень», «скала». В таком случае Квачахия — «каменистый», «живущий у скалы» или «человек из каменистой местности». Это типичная топонимическая модель: фамилия могла закрепиться за выходцами из села Квачахи (такое действительно существует в Мингрелии) или за людьми, жившими в скалистой, бесплодной зоне. Прозвище могло быть ироничным — так могли назвать упрямого, «твёрдого» человека.

Есть и другая версия, менее популярная, но лингвистически возможная: от мегрельского «квач» — «свинья». Тогда Квачахия — «свинопас» или «владелец свиней». В крестьянской среде прозвища по домашнему скоту были обычным делом, но в случае с этой фамилией «каменная» версия выглядит убедительнее: она объясняет и географическую привязку, и топонимы.

Суффикс -ия в мегрельских фамилиях часто выполняет роль притяжательного или указательного окончания, превращая прозвище или название места в родовое имя. Социально Квачахия — фамилия крестьянская, не княжеская. В Российской империи, после присоединения Грузии, носителей этой фамилии записывали в ревизских сказках как государственных или помещичьих крестьян, в основном из Кутаисской губернии.

В современной России фамилия встречается, но редко — почти все её носители имеют корни из Западной Грузии. Написание в русских документах закрепилось как Квачахия, хотя по-мегрельски ударение падает на второй слог: Ква́чахиа.