Фамилия Квишко звучит на южнорусский и украинский лад, и её разбор стоит начать с суффикса. Формант -к-о типичен для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, образованных от прозвищ или имён (ср. Бойко, Шевченко, Стецько). Он указывает на уменьшительность или принадлежность, но в фамилиях часто просто оформляет основу, не меняя её значения. Ударение, скорее всего, падает на первый слог — Кви́шко, что характерно для этой модели.

Основа фамилии — корень «квиш-». Здесь возможны две версии, и обе ведут к прозвищу. Первая: от диалектного глагола «кви́шить» или «кви́шкать» — в южных и западных говорах это значит «пищать, визжать, издавать тонкий звук». Прозвище Квишко могли дать человеку с высоким голосом или тому, кто постоянно ныл. Вторая версия, более редкая, но имеющая право на существование: от украинского «квит» — цветок (заимствование из польского kwiat). В таком случае «квишко» могло быть уменьшительным от «квит» через суффикс -шк- (ср. «хлопчик» — «хлопчишко»), то есть «цветочек». Однако первая версия правдоподобнее: звукоподражательные корни в прозвищах встречаются чаще, чем метафорические, а суффикс -шк- для уменьшительных форм в украинском не так типичен, как в русском.

Географически фамилия Квишко тяготеет к западным и центральным областям Украины — Волыни, Подолью, Полтавщине, а также к приграничным районам России (Брянская, Курская области). В дореволюционных переписях она фиксировалась среди мещан и казаков, что типично для фамилий на -ко в этих краях. Дворянских родов с такой фамилией не известно — это, скорее всего, крестьянская или казачья фамилия, возникшая из уличного прозвища.

Социальный контекст прост: предок носителя фамилии был либо человек с писклявым голосом (прозвище по физической особенности), либо, менее вероятно, садовод или торговец цветами. В любом случае фамилия не несёт в себе ни тюркских, ни балтских корней — это чисто восточнославянская модель, причём не самая древняя, а сформировавшаяся в XVII–XVIII веках, когда прозвища начали закрепляться как родовые имена.