Фамилия Кысина — яркий пример того, как редкая основа может дать ключ к разгадке происхождения. В отличие от распространенных фамилий на -ов/-ев, здесь мы видим суффикс -ин, который в русской традиции указывает на принадлежность: «чей?» — Кысин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Кыса.

Самая вероятная версия — связь с диалектным словом «кыса». В северных и сибирских говорах так называли кошку. Прозвище Кыса могли дать человеку за мягкую, вкрадчивую походку, за привычку тереться рядом или за кошачий нрав. В некоторых областях «кысой» называли и кисет — мешочек для табака, так что прозвище могло относиться к курильщику или торговцу табаком.

Менее распространенная, но возможная гипотеза — связь с тюркскими языками. В них корень «кыс» означает «девушка», «дочь». Фамилия Кысина могла возникнуть в среде, где русские суффиксы наложились на тюркское имя или прозвище Кыс. Однако в этом случае форма скорее была бы Кысов (по мужской линии), а женский вариант Кысина указывает на исходное прозвище именно в форме Кыса.

Географически фамилия тяготеет к северным регионам России, особенно к Архангельской и Вологодской областям, где слово «кыса» в значении «кошка» фиксируется этнографами. Встречается она и в Поволжье, что может говорить о смешении диалектных традиций.

По суффиксу -ин можно определить, что фамилия образовалась в среде, где было принято называть человека по отцу или по прозвищу главы семьи, а не по роду занятий. Это характерно для крестьянской и мещанской среды XVI–XVII веков. Фамилия Кысина — не дворянская, не купеческая, а народная, бытовая, и ее корни уходят в повседневную жизнь, где прозвище, данное за сходство с животным, закреплялось за целым родом.