Фамилия Кюне — немецкая по происхождению, и её значение напрямую связано с личным качеством. В основе лежит древневерхненемецкое прилагательное kuoni (в современном немецком kühn), которое означает «смелый», «отважный». Чаще всего фамилия возникла из прозвища, которое давали храброму, решительному человеку, чья смелость бросалась в глаза окружающим.

Однако существует и вторая, более сложная версия. Согласно ей, Кюне — это не самостоятельное прозвище, а сокращённая (краткая) форма старинного германского имени Кунрат (Kunrat). Имя это составное: первая часть kühn (смелый), вторая — rāt (советник). Вместе они дают значение «отважный советник». Со временем полное имя в бытовом общении сократили до первой части — Кюне, и это сокращение закрепилось как фамилия для потомков.

Обе версии правдоподобны, но первая — прозвищная — встречается чаще: фамилии, образованные от одного прилагательного без суффикса, типичны для немецкой ономастики (ср. Кляйн — «маленький», Ланг — «длинный»).

В России фамилия Кюне встречается в основном среди потомков немецких переселенцев. Например, в Книге памяти Омской области зафиксирован Рудольф Густавович Кюне, родившийся в 1901 году в селе Пологрудово Знаменского района. В документах также упоминаются Вилли Вильгельмович Кюне (1909 г.р., Берлин) и Макс Германович Кюне (1905 г.р., там же).

Самый известный носитель фамилии в науке — немецкий физиолог и гистолог Вилли Кюне (полное имя Вильгельм Фридрих Кюне). Он ввёл в обиход термин «фермент» и изучал строение мышечной ткани.

Таким образом, фамилия Кюне — это компактный отпечаток либо личной черты (смелость), либо древнего имени, восхваляющего отвагу в совете.