Фамилия Кюне образована от аналогичного имени, которое является краткой формой имени Кунрат (Kunrat). Оно представляет собой сочетание двух германских основ: kühn со значением «смелый» и rāt, переводящейся как «советник». Таким образом, именование Кунрат можно трактовать как «отважный советник». Не исключено, что фамилия Кюне происходит от аналогичного прозвища, которое связано с германским прилагательным küene так же со значением «смелый». Можно предположить, что именование Кюне отражает особенности характера его обладателя. Так могли назвать храброго человека. Так, например, в Книге памяти Омской области упоминаются Рудольф Густавович Кюне, родившийся в 1901 году в селе Пологрудово Знаменского района Омской области. Кроме того, документах можно найти информацию о Вилли Вильгельмовиче Кюне, родившемся в 1909 году в Берлине, а также о Максе Германовиче Кюне, родившемся 20 апреля 1905 года там же. Среди известных однофамильцев можно назвать немецкого физиолога и гистолога Вилли Кюне (Вильгельма Фридриха Кюне).