Фамилия Кюнле — редкий пример, когда русская фамилия имеет не славянское, а немецкое происхождение, причём в нехарактерной для России форме. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский, Кюнле сохранила исходный немецкий суффикс, что сразу указывает на её инородные корни.

В основе фамилии лежит немецкое слово «Kühn» — смелый, отважный. В южнонемецких диалектах, особенно в Баварии и Австрии, уменьшительно-ласкательная форма образуется с помощью суффикса «-le». Так «Kühn» превращается в «Kühnle» — «смельчак» или «маленький смелый». При передаче через письменный русский язык умлаут (две точки над u) исчез, и фамилия закрепилась как Кюнле. Это типичная история для немецких колонистов, которых в XVIII–XIX веках приглашали в Российскую империю: их фамилии адаптировались к кириллице, но внутренняя форма оставалась чужой для русского уха.

Географически фамилия Кюнле в России чаще всего встречается в Поволжье, на юге Украины и в Западной Сибири — именно там располагались немецкие колонии. Предки носителей этой фамилии были, скорее всего, ремесленниками или крестьянами-земледельцами, получившими прозвище за характер. В отличие от фамилий, образованных от профессии (Шмидт — кузнец), Кюнле — прозвищная: ею могли наградить дерзкого, решительного человека, который не боялся идти наперекор.

Примечательно, что в немецком оригинале фамилия могла писаться и как Kühnle, и как Kuehnle (без умлаута). В русской записи оба варианта слились в один — Кюнле. Родственные ей фамилии в России — Кюн, Кюне, Кюнц — тоже восходят к тому же корню, но с другими суффиксами. Таким образом, Кюнле — не случайная аномалия, а часть обширного пласта немецких фамилий, которые прижились в России и сохранили память о смелости своего первого носителя.