Фамилия Кюнер — одна из тех, что пришли в Россию вместе с немецкими колонистами, ремесленниками и учёными. Её основа — немецкое имя Kühner, которое, в свою очередь, служило уменьшительной формой от имени Konrad (Конрад). Разбирая это имя по составу, получаем два древневерхненемецких корня: kvon — «отважный, смелый, храбрый» и rad — «намерение, желание, цель». Таким образом, полное значение имени Конрад — «смелое желание» или «тот, кто смело стремится к цели». Фамилия Кюнер, образованная от уменьшительной формы, буквально передаёт ту же характеристику, но в более лаконичном, «домашнем» виде.

В русском контексте фамилия Кюнер — типичный пример фамилии немецкого происхождения, которая сохранила исходное написание и не подверглась русификации через суффиксы -ов или -ин. Это указывает на то, что её носители, скорее всего, принадлежали к среде немецких переселенцев или специалистов, приглашённых в Российскую империю в XVIII–XIX веках. Такие фамилии часто встречались среди обрусевших немцев, живших в Санкт-Петербурге, Поволжье или Прибалтике.

Известный носитель фамилии — немецкий филолог Рафаэль Кюнер (1802–1872). Его руководства по греческой и латинской грамматике были широко распространены в гимназиях Германии и России, что косвенно связывает фамилию с академической и педагогической средой XIX века. Впрочем, основная масса носителей фамилии Кюнер в России — это потомки ремесленников, врачей, аптекарей и управляющих, а не только учёных.