Фамилия Кюнер образована от немецкого имени Kühner (Кюнер), которое является уменьшительным вариантом мужского личного имени Konrad (Конрад). Имя Конрад образовано от немецких слов: kvon, что в переводе с немецкого означает «отважный, смелый, храбрый», и rad, то есть «намерение, желание, цель». Соответственно, целиком это имя можно перевести как «смелое желание». Известным обладателем данной фамилии является Кюнер Рафаэль (1802 – 1872 годы жизни) - немецкий филолог, автор распространенных в Германии и России руководств по греческой и латинской грамматике.