Фамилия Лагарников — одна из тех, что ставит исследователя в тупик с первой буквы. Основа «лагарн» не встречается ни в древнерусских именах, ни в распространённых прозвищах, ни в старых ремёслах. Это сразу подсказывает, что перед нами не исконно русская, а скорее книжная или искусственная фамилия, возникшая в среде духовенства или образованной городской знати.

Самый вероятный путь — от французской фамилии Lagarde (Лагард) или Lagarène (Лагарен). В XIX веке в русских духовных академиях и семинариях было принято переделывать фамилии учеников на латинский или греческий лад, а иногда и давать «красивые» иностранные прозвища. Сын священника с простой фамилией мог стать Лагарниковым, если преподаватель решил «облагородить» его звучание, добавив русский суффикс -ник- и окончание -ов. Суффикс -ник здесь указывает на принадлежность к чему-либо: Лагарников — «относящийся к Лагарду» или «происходящий от Лагарна». Такая модель (основа + -ник + -ов) для русских фамилий нетипична: обычно мы видим -ов/-ев или -ин, а -ник- скорее встречается в прозвищах, которые потом становились фамилиями (например, Скорняков, Свечников). В случае с Лагарниковым этот суффикс выглядит как попытка «приручить» чужое слово к русской грамматике.

Менее убедительная, но возможная версия — связь с греческим словом «лагарон» (λαγαρόν) — «тонкий», «худой». В греческих училищах, где готовили будущих священников, могли дать прозвище Лагарон тощему семинаристу, а уже в русской среде оно обросло суффиксом -ник и окончанием -ов. Однако прямых подтверждений этой гипотезы в ономастических словарях нет, и она уступает французскому следу.

Географически фамилия редкая, и её носители, скорее всего, сосредоточены в центральных губерниях России, где были духовные школы. Встретить Лагарникова среди крестьян или купцов маловероятно — это фамилия-искусственник, созданная за письменным столом, а не выросшая из бытового прозвища. Поэтому предки человека с такой фамилией с большой долей вероятности были выходцами из духовного сословия, возможно, из семей священников или дьячков, получивших фамилию при поступлении в семинарию.