Фамилия Лагимер — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной этимологии в рамках славянской ономастики. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, и она не похожа на типичные прозвища от профессий или внешности. Скорее всего, перед нами фамилия искусственного или иноязычного происхождения.

Первая и самая правдоподобная версия — семинарская фамилия. В духовных училищах и академиях XVIII–XIX веков ученикам часто давали «благозвучные» фамилии из латинских или греческих корней. Лагимер может быть переосмыслением латинского lagena (кувшин, бутыль) или греческого lagos (заяц) с добавлением суффикса -мер, который иногда встречается в фамилиях, образованных от географических названий или личных имён. Однако такое сочетание нетипично для классических семинарских фамилий вроде Сперанский или Розов, поэтому эта версия остаётся гипотетической.

Вторая версия — немецкое или еврейское происхождение. В немецком языке Lagemeyer или Lagemeier — фамилия, указывающая на управляющего (Meier) при складе или лагере (Lager). При русификации окончание могло сократиться до -мер. В таком случае предок носителя фамилии был не просто крестьянином, а человеком, отвечавшим за хранение припасов или организацию работ в поместье. Также возможна связь с идишем, где lag означает «лежать» или «лагерь», а mer — «мастер», но это спекулятивно.

Третья, менее вероятная версия — топонимическая. В Скандинавии и Прибалтике встречаются хутора и мызы с названиями вроде Lagimäe (эст. «гора лагерей»). Переселенец из таких мест мог получить фамилию по названию родного хутора, которую затем адаптировали на русский лад.

География фамилии сегодня крайне узкая. Лагимеры встречаются в основном на юге России и Украине, а также в Москве. Это подтверждает версию о позднем появлении — фамилия не успела широко разойтись по стране. Сословная принадлежность предков остаётся неясной: это могли быть и духовные лица, и обрусевшие немцы, и выходцы из Прибалтики.

Коротко: фамилия Лагимер, скорее всего, не народная, а книжная или пришлая. Её носители — потомки либо семинаристов, получивших «учёное» прозвище, либо переселенцев из немецких или прибалтийских земель.