Фамилия Лаптуров образована от прозвища или имени Лаптур. В русской ономастике это довольно редкий случай, когда основа фамилии не имеет очевидных параллелей с распространёнными словами. Слово «лаптур» не фиксируется в словарях современного русского литературного языка, поэтому для объяснения приходится обращаться к диалектам и соседним языкам.

Наиболее вероятная версия связывает Лаптура с северо-западными и новгородскими говорами, где «лапту́ра» или «лапты́рь» означало неуклюжего, нерасторопного человека, разиню. Слово могло возникнуть из звукоподражания шлёпанью босых ног или небрежной походке. Суффикс -ур(а) в таких прозвищах (ср. «мазура», «пантюра») характерен для северных территорий и придаёт основе пренебрежительный или шутливый оттенок. Тогда Лаптуров — потомок человека, которого в деревне дразнили Лаптуром за медлительность или неловкость.

Менее распространённая гипотеза выводит основу из тюркских языков, где «лаптыр» могло означать «лоскут», «обрывок» или «заплатка». В таком случае прозвище относилось к портному, сапожнику или просто бедно одетому человеку, чья одежда была сплошь в заплатках. Однако тюркская версия слабее, так как фамилия Лаптуров встречается почти исключительно в русских регионах, и её ареал (Вологодская, Архангельская, Костромская области) говорит скорее о севернорусском происхождении.

Словообразовательная модель стандартна: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей сын?» — Лаптуров). Фамилия могла возникнуть и из канонического имени, но подходящего церковного имени нет. Скорее всего, фамилия Лаптуров — редкий пример того, как в основе лежит не ремесло и не крестильное имя, а меткое местное словцо, описывающее внешность или характер предка.