Фамилия Латыпов — одна из тех, где версия с личным именем намного убедительнее топонимической. В основе лежит арабское имя Латиф (в тюркском произношении — Латип или Латып), которое переводится как «нежный, добрый». Мусульманские родители, давая сыну такое имя, желали ему мягкого нрава и доброты. Фамилию образовали по стандартной русской модели: к основе «Латып» добавили патронимический суффикс -ов, который отвечает на вопрос «чей?». Так сын Латыпа становился Латыповым.

Менее правдоподобная, но тоже встречающаяся версия связывает фамилию с географией. В Стерлитамакском районе Башкортостана есть деревня Латып. Если предок был выходцем из этого села, его могли прозвать Латыповым — по названию места, откуда он пришел. Однако для фамилий такого типа (на -ов) гораздо типичнее происхождение от имени, а не от топонима. Деревня Латып, скорее всего, сама получила название по имени основателя — того самого Латыпа, так что обе версии в конечном счёте сходятся к одному корню.

Точное время возникновения фамилии Латыпов установить сложно. Процесс закрепления фамилий у тюркских народов России растянулся на несколько столетий и завершился в основном к концу XIX века. Окончательно прояснить историю конкретного рода можно только через генеалогические изыскания: метрические книги, ревизские сказки и списки населённых мест.