Фамилия Лайконина — редкий случай, когда суффикс почти наверняка указывает на происхождение от женского прозвища или имени. Основа здесь — «Лайконя». В русской антропонимике фамилии на -ин обычно образуются от слов женского рода с окончанием -а/-я: «князь — княгинин», «заяц — зайкин». Если бы предка звали Лайкон, фамилия звучала бы как Лайконов. Форма Лайконина подсказывает, что родоначальницей могла быть женщина по прозвищу Лайконя.

Что могло означать это прозвище? Самый прямой путь — к глаголу «лаять». В говорах «лайкой» называли крикливую, бранчливую женщину, а «лайконя» — уменьшительно-пренебрежительный вариант того же корня. В северных и сибирских диалектах слово «лайка» означало также собаку (отсюда и порода собак). Так что прозвище Лайконя могли дать либо сварливой бабе, либо, наоборот, женщине с громким, зычным голосом — в крестьянской среде такие характеристики были не обидными, а скорее описательными.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с карельскими или финскими корнями, так как фамилия встречается в Карелии и соседних областях. В карельском языке «laika» означает «волна», «зыбь». Но такое значение для прозвища маловероятно: обычно географические термины в фамилиях закрепляются через прозвища мужчин (живущий у волны), а не женщин.

Вторая версия: Лайконя — это не прозвище, а производное от крестильного имени. Например, от Галактион (в просторечии Лактион) через цепочку «Лактионя — Лайконя». Или от имени Лайк (краткая форма от Эллай, Миллай), которое бытовало у коми-зырян. В этом случае фамилия — метронимическая, то есть образована от имени матери. В русской традиции такое случалось редко и обычно означало, что мать была вдовой или играла главную роль в семье.

География фамилии узкая: Лайконины встречаются в основном в Кировской области, Пермском крае и Удмуртии. Это регионы, куда в XVII–XVIII веках ссылали старообрядцев и где активно смешивались русские, коми и удмуртские говоры. Такое расселение подтверждает версию о диалектном или иноязычном происхождении основы.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Лайков, Лайкин, Лайконов — показывает, что вариант Лайконина самый редкий. Если Лайков и Лайкин могли образоваться от мужского прозвища Лайко (лающий, крикун), то Лайконина сохранила память о конкретном женском имени или прозвище, что делает её ономастическим раритетом.