Фамилия Ледункин — редкая, и в этом её главная особенность. Она образована по одной из самых распространённых русских моделей: с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность. Если фамилия на -ов/-ев чаще означала «чей сын» (Иван — Иванов), то -ин крепче привязан к основе, оканчивающейся на согласный: Ледункин — значит «сын Ледунки» или «человек из семьи Ледунки».

Основа — «Ледунка». Это уменьшительная или пренебрежительная форма от прозвища или некалендарного имени Ледун. Само слово «ледун» в русских говорах почти не встречается, но его можно связать с «лёд» и производными. Наиболее вероятная версия: прозвище Ледун дали человеку с холодным, неприступным характером, либо тому, кто постоянно мёрз, либо, наоборот, торговцу льдом или рыбаку, промышлявшему зимой. В северных и сибирских говорах «ледун» могли называть сосульку, а в переносном смысле — нелюдимого человека.

Есть и другая, менее очевидная гипотеза: связь с диалектным «леда» или «ледя» — так в некоторых областях называли ленивого, неповоротливого человека. Тогда Ледунка — это уже вторичное образование с уменьшительным суффиксом -к-, и фамилия означает «сын ленивца». Но эта версия слабее, так как переход «ледя → ледун» нехарактерен для словообразования.

География фамилии узкая: по доступным данным, Ледункины встречаются в основном в центральных и северо-западных областях России, в частности в бывшей Вологодской губернии. Это косвенно подтверждает «холодную» версию происхождения — для северных регионов прозвище, связанное со льдом, было бы естественным.

Суффикс -к- в основе («Ледунка») указывает на то, что исходное прозвище было не официальным, а бытовым, внутрисемейным. Такие фамилии часто возникали в крестьянской среде, где человека называли не по отцу, а по его собственному прозвищу или по прозвищу матери. Ледункин — фамилия, которая хранит память о конкретном человеке, вероятно, жившем в суровом краю и получившем своё прозвище за характер или занятие.