Фамилия Лёнюшкин — наглядный пример того, как простое прозвище, образованное от уменьшительного имени, закрепилось в качестве родового именования. В её основе лежит имя Лёня — народная, сокращённая форма крестильного имени Леонид (от греческого Leonidas — «подобный льву», «сын льва»). Суффикс -ушк- придаёт основе ласкательный оттенок: Лёнюшка — так в быту могли называть ребёнка или младшего члена семьи. Таким образом, Лёнюшкин буквально означает «сын Лёнюшки» или «потомок того, кого звали Лёнюшка».

Словообразовательная модель здесь не самая частая. Если фамилии на -ин (Лёнин, Леонидов) встречаются повсеместно, то суффикс -ушкин встречается реже и обычно указывает на более интимное, домашнее прозвище. Подобные фамилии (Ванюшкин, Петрушкин, Костюшкин) чаще всего возникали в среде, где ценились семейные прозвания, а не официальные патронимы. Поэтому Лёнюшкин — это не «сын Леонида», а именно «сын Лёнюшки», то есть того, кто в кругу близких был Лёнюшкой.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России. В переписных книгах и архивных записях XVII–XVIII веков подобные формы на -ушкин фиксируются в Вологодской, Архангельской, Костромской губерниях. Именно там, где сохранялась традиция многоступенчатых уменьшительных имён, и могло закрепиться такое прозвание.

Встречается и другая, менее вероятная, версия: связь с диалектным словом «лёня» (ленивый). В этом случае Лёнюшка — прозвище нерасторопного человека. Однако против этой гипотезы говорит то, что от нарицательных слов с корнем «лен-» (Леной, Ленивым) фамилии обычно образовывались через суффиксы -ов/-ев (Ленов, Ленивов), а уменьшительно-ласкательный суффикс -ушк- характерен именно для имён собственных. Поэтому версия с происхождением от имени Леонид выглядит убедительнее.

Стоит отметить, что написание фамилии с буквой «ё» — не случайность, а указание на произношение. В дореволюционных документах её могли записать как Ленюшкин, но ударение в любом случае падает на первый слог: Лёнюшкин. В современном употреблении букву «ё» часто заменяют на «е», что может привести к неверному прочтению (Леню́шкин), но исторически верная форма — именно через «ё».