Фамилия Лепайнекс — редкий случай, когда русская фамилия образована от латышского прозвища. Её основа — латышское слово lepns, которое переводится как «гордый», «надменный» или «спесивый». В русской передаче буква «с» на конце исчезла, и исходное прозвище Лепайнис или Лепайнекс (с латышским суффиксом -nieks, обозначающим носителя качества) превратилось в фамилию, адаптированную под русское окончание.

Суффикс -екс, а не более привычное -ов или -ин, сразу выдает иноязычное происхождение. В латышском языке суффикс -nieks (в родительном падеже -nieka) часто образует названия людей по их свойству или занятию: lepns — lepnieks (гордец). При заимствовании в русскую среду фамилия могла писаться по-разному: Лепайниекс, Лепайнекс, а в бытовой речи редуцироваться до Лепайнец.

Носители этой фамилии, скорее всего, происходят из западных губерний Российской империи — территорий современной Латвии или смежных районов Псковской и Витебской губерний, где было смешанное латышско-русское население. Предок получил прозвище Гордец (Лепайниекс) за характер или поведение, и это прозвище закрепилось как фамилия, когда в XIX веке крестьянам начали массово присваивать постоянные родовые имена.

С точки зрения словообразовательной модели, Лепайнекс стоит в одном ряду с другими латышскими фамилиями на -екс, вошедшими в русский обиход: Скудра (Скудрекс), Калныньш (Калнынекс). Однако если Калныньш означает «гора» и встречается часто, то «гордый» — более личная, характеризующая черта. Фамилия не указывает на сословие или ремесло: латышские крестьяне, ремесленники и даже мелкопоместные дворяне могли получить такое прозвище. Встречаемость фамилии крайне низкая, что делает её уникальным маркером латышских корней в русском ономастиконе.