Фамилия Лепайнек — редкий для России случай фамилии, образованной по польской модели с суффиксом -ек. В польской ономастике суффикс -ек (реже -ак, -ук) выполняет уменьшительную или патронимическую функцию, то есть указывает на потомка или носителя признака, названного в основе. В данном случае основа — Лепай (Lepaj) — скорее всего, вариант имени или прозвища.

Самая вероятная версия происхождения — от польского прилагательного «лепы» (łępy, lepy), что значит «хороший, добрый, красивый». В старопольском языке слово «лепы» (lępy) имело значение «красивый, пригожий», а в некоторых говорах — «ловкий, умелый». Тогда Лепай — прозвище человека, которого так характеризовали, а Лепайнек — его сын или потомок («маленький Лепай»). Модель с суффиксом -ек типична для юга Польши (Малопольша, Силезия) и для польско-белорусского пограничья.

Менее вероятная, но возможная версия — от имени Леопольд (через народную форму Лепа). В этом случае фамилия прошла бы сокращение: Леопольд → Лепа → Лепай → Лепайнек. Однако такая цепочка менее типична для польских фамилий, чем прямая связь с нарицательным словом.

Написание фамилии — с буквой «й» в середине (Лепайнек) — указывает на то, что носители, вероятно, происходят из регионов, где польский язык испытал влияние восточнославянских говоров. В стандартной польской орфографии фамилия выглядела бы как Lepajek, с буквой j без мягкости. Форма с «й» — результат адаптации к русской или белорусской письменности.

Географически фамилия Лепайнек встречается исключительно редко. По данным современных баз носителей, она фиксируется в основном в Беларуси и на западе России, что подтверждает её польско-белорусское происхождение. Сословно носители такой фамилии с уменьшительным суффиксом скорее всего относились к крестьянству или мелкой шляхте (застянковой), но не к магнатским родам. Точных данных о сословной принадлежности нет, но сам тип фамилии (суффикс -ек) характерен для простонародья.