Фамилия Лепаева — женская форма, мужская — Лепаев. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Лепай, а вопрос в том, что оно означало. Самая вероятная версия отсылает к диалектному глаголу «лепать» — в некоторых говорах так говорили про небрежную, кое-как сделанную работу, про лепку на скорую руку. Человек, которого прозвали Лепаем, мог быть неаккуратным мастеровым или, наоборот, тем, кто быстро и без лишних церемоний чинил что-то — грань между порицанием и шутливым признанием здесь тонкая.

Менее очевидный, но возможный корень — «лепый», то есть красивый, статный. В древнерусском языке «лепый» означало «хороший, прекрасный», и имя Лепой (в диалектном произношении Лепай) могло даваться ребёнку как пожелание стать видным и удачливым. Однако фамилия образована не через суффикс прилагательного, а через прозвищную форму на -ай, что типично именно для глагольных основ: «гуляй», «ломай», «кидай». Такие прозвища часто давали за характерное действие.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Лепая». В XIX веке фамилия фиксируется в Поволжье, особенно в Самарской и Симбирской губерниях — там диалектная лексика с корнем «леп-» бытовала устойчиво. Других версий, например, связи с тюркскими или финно-угорскими языками, нет: основа чисто славянская, хотя встречается редко.

Написание через «е» (Лепаев) — единственное нормативное; вариант «Липаев» мог бы указывать на другое дерево, но к данной фамилии отношения не имеет. Сословного барьера у носителей не было: Лепаевы встречались и среди крестьян, и среди мещан, но в дворянские родословные книги не попали.