Фамилия Льготкин — нечастый случай в русском ономастиконе, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. Вопреки интуитивному желанию связать её с современным словом «льгота» (привилегия, послабление), корень здесь, скорее всего, иной. Основа «льгот-» в древнерусском языке имела более широкое значение — «лёгкость», «возможность», «свобода от тягла». Однако в основе фамилии лежит не юридический термин, а личное прозвище или мирское имя Льготка. В старину так могли назвать человека лёгкого на подъём, подвижного, проворного, или же того, кто жил без особых забот, «на льготе» — например, крестьянина, получившего временное освобождение от повинностей.

Суффикс «-к-» в основе (Льгот-к-а) — типичный для русских прозвищ, а затем и фамилий уменьшительно-ласкательный или характеризующий. Фамилия образована по продуктивной модели на «-ин»: Льготкин — «сын Льготки». Эта модель (в отличие от «-ов») чаще встречается у фамилий, произошедших от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Географически фамилия редкая, встречается точечно, преимущественно в центральных и северных регионах России, что указывает на её исконно русское происхождение без иноязычных влияний.

Интересно, что в официальных документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Льготка. Оно не имело негативного оттенка, а скорее указывало на характер или социальное положение. Таким образом, Льготкин — не про «льготника» в современном бюрократическом смысле, а про человека, которого в его окружении считали лёгким, быстрым или даже удачливым. Другие версии — связь с глаголом «льготить» (льстить, угождать) — менее правдоподобны, так как в этом случае форма прозвища была бы иной (Льгота, Льготник), а не Льготка.