Фамилия Льготина — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а слово с ярким социальным оттенком. Её женская форма не должна сбивать с толку: перед нами типичная «матронимическая» фамилия на -ин, то есть образованная от женского имени или прозвища. В данном случае — от прозвища или неканонического имени Льгота.

Само слово «льгота» в древнерусском языке означало не только «облегчение, послабление», но и «свобода, воля, привилегия». Прозвище Льгота могли дать человеку, который жил на особых условиях: например, крестьянину, освобождённому от части повинностей, или вольному переселенцу, получившему льготу на новом месте. В некоторых говорах «льгота» — это ещё и «поблажка, возможность не делать что-то», так что прозвище могло закрепиться за ленивым или избалованным человеком, хотя такая версия менее вероятна для XVI–XVII веков, когда фамилии только складывались.

Словообразовательная модель проста: прозвище Льгота → притяжательное прилагательное «Льготин» (чей? — сын Льготы) → фамилия Льготин. Женская форма Льготина, соответственно, пошла от главы семьи. Суффикс -ин указывает на принадлежность, что характерно для фамилий, образованных от основ на -а/-я. Это отличает её, скажем, от фамилии Льготов, где использован суффикс -ов (от основы на твёрдый согласный).

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России. Встречается, хотя и редко, на Вятке и в бывших рязанских землях — именно там в писцовых книгах XVII века фиксировались крестьяне с прозвищем Льгота. Дворянских родов с такой фамилией не известно: это, скорее всего, крестьянская или посадская фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по бытовым и правовым особенностям.

Интересно, что у фамилии нет распространённой «календарной» версии (от церковного имени), и это сразу выделяет её среди тысяч «Ивановых» и «Петровых». Льготина — редкий пример того, как социальное понятие стало личным именем, а затем и фамильным знаком.