Фамилия Лифашины, как и большинство русских фамилий на -ин, ведет свое начало от личного имени или прозвища предка. Основа фамилии — имя Лифаша, которое входило в круг народных, бытовых форм православных крестильных имен. Это так называемая гипокористика (сокращение с ласкательным суффиксом), и за ней могут стоять сразу несколько канонических имен.

Наиболее вероятная версия связывает Лифашу с именем Селиван (от латинского Silvanus — «бог лесов»). В русской традиции это имя давало много производных: Сильван, Селиван, а в просторечии — Ливан, Лифан и, с уменьшительным суффиксом, Лифаша. Чуть реже основой могло стать имя Нифонт (греческое «рассудительный, трезвый») или Вонифатий (латинское «творящий благо»). В обоих случаях усечение первого слога и замена звуков («в» на «л») — характерная черта народной этимологии: имя упрощалось до созвучного и привычного славянскому уху корня.

Модель образования проста: к основе Лифаш- добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин, означающий «чей?» — «сын Лифаши» или «человек из рода Лифаши». Такая модель была основной для фамилий, образованных от имен, оканчивающихся на -а/-я. Социально фамилия Лифашин скорее всего сформировалась в среде крестьян или посадских людей: именно в этих слоях до XVII века активно бытовали нецерковные уменьшительные формы взамен полных крестильных имен.

Фамилия редкая, встречается спорадически. Поскольку в основе лежит народная форма, а не прямое каноническое имя, точную географию и время возникновения установить сложно: фамилия могла независимо появиться в разных регионах. Безусловно, она представляет собой памятник славянской культуры, но окончательное суждение о месте и времени ее происхождения требует углубленных генеалогических изысканий.