Фамилия Лифенцева — отчество второго порядка, образованное от прозвища или некалендарного имени Лифен. Чаще всего за основу берут просторечное имя Лифен, которое прошло долгий путь сокращения: от греческого Елевферий («свободный») через формы Алферий, Алфер и Алифей до короткого Лифен. Такие цепочки — обычное дело в народной среде, где длинные церковные имена укорачивали для повседневного обихода.

По этой версии основатель рода Лифенцевых — человек по имени Лифен, а его дети стали Лифенцевыми (Лифен + суффикс -ец + фамильный суффикс -ев). Суффикс -ец в русских фамилиях часто указывает на принадлежность к определённой местности или на прозвище, но в данном случае он скорее уменьшительный или указывает на сына: Лифенец — «сын Лифена», а Лифенцевы — уже его потомки.

Есть и альтернативная версия — топонимическая. На Украине, в Лебединском районе Сумской области, существует село Лифин. Если предки Лифенцевых происходили оттуда, фамилия могла возникнуть как указание на выходца: «Лифинец» — человек из Лифина, а со временем написание могло измениться на «Лифенец» под влиянием акающих говоров. В таком случае фамилия отвечает на вопрос «откуда?», а не «чей ты сын?».

Обе гипотезы ведут к одному социальному контексту: фамилия Лифенцева не относится к дворянским или книжным. Её носители, скорее всего, были выходцами из крестьянской или рабочей среды. В документах фамилия встречается редко, что говорит о её локальном бытовании — вероятно, в южнорусских или украинских землях. В отличие от фамилий на -ов/-ев, образованных от полных крестильных имён, Лифенцева стоит в ряду тех, что сохранили живую разговорную форму имени или географическую привязку.