Фамилия Лихунова — женская форма, мужская — Лихунов. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Лихун. Разбираем слово по составу: корень «лих-» и суффикс «-ун». Корень «лих-» в древнерусском языке имел два основных значения: «злой, лихой, плохой» и одновременно «смелый, удалой, быстрый». Суффикс «-ун» в русских прозвищах и фамилиях типичен для характеристики человека по действию или свойству: говорун, крикун, бегун. Соответственно, Лихун — это человек, которого окружающие называли либо «лихим» в смысле злого, опасного, либо, наоборот, «лихим» в смысле удалого молодца, сорвиголовы. Второе значение в крестьянской среде было распространено не меньше первого: лихим называли бойкого, предприимчивого человека, способного на риск.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Лихун добавили патронимический суффикс «-ов», что буквально означает «сын Лихуна». Исходное прозвище Лихун могло закрепиться за родоначальником в XV–XVII веках, когда нецерковные имена были повсеместны. Географически фамилия Лихуновы встречается в разных регионах, но заметна концентрация в центральных и южных областях России — в Воронежской, Тамбовской, Рязанской губерниях, а также на Урале. Это указывает на бытование прозвища среди крестьян и служилых людей, а не в высших сословиях.

Стоит отметить, что однокоренные фамилии — Лихов, Лихин, Лиховцев, Лихачёв — построены от тех же корней, но с разными суффиксами. Лихунов — более редкий вариант, чем, скажем, Лихачёв, что объясняется меньшей распространённостью суффикса «-ун» в прозвищах. В ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) модель на «-ун» описана как продуктивная, но дающая меньше фамилий, чем на «-ак» или «-ач». Таким образом, носитель фамилии Лихунова может с высокой вероятностью предположить, что его предок был человеком заметным — либо опасным и недобрым, либо, что чаще, удалым и смелым.