Фамилия Ликсунова — женская форма, а её мужской вариант, Ликсунов, образован по типичной для русских фамилий модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Ликсунова, то есть дочь или жена Ликсунова. Основа здесь — прозвище Ликсун.

Корень фамилии неочевиден на первый взгляд. Вероятнее всего, он связан с диалектным глаголом «ликсать» или «ликсовать». В некоторых северных и сибирских говорах это слово означало «плакать, рыдать» или, напротив, «хихикать, посмеиваться». Соответственно, Ликсун — человек, который либо часто плачет, либо, наоборот, любит посмеяться. Такие прозвища по поведению были распространены на Руси: их давали не в обиду, а как примету, чтобы отличить человека в быту.

Суффикс -ун в основе указывает на деятеля, склонного к действию. В русском языке он характерен для прозвищ: говорун, крикун, молчун. Ликсун — тот, кто «ликсает», то есть плакса или хохотун. Второе значение, связанное со смехом, встречается реже, но не менее правдоподобно: в некоторых регионах «ликсой» могли назвать насмешника.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от тюркского имени или прозвища, например, от «лик» (лицо) с добавлением тюркского суффикса, но такая гипотеза слабая, так как фамилия имеет типично славянскую словообразовательную модель и не встречается в массовых списках тюркских фамилий.

Фамилия Ликсунова редкая, её географическое распространение неширокое. Встречается в основном в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает связь с диалектной лексикой именно этих регионов. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды, где прозвища были особенно живучи и передавались детям в качестве родового имени.