Фамилия Лилеп — редкая, но её происхождение прослеживается довольно чётко, и это сразу снимает главный вопрос читателя. Она не русская в привычном понимании, а прибалтийская, точнее — латышская. Корень здесь — латышское слово «līleps» или «līle», которое переводится как «красивый», «хороший». В латышском языке есть и форма «līle» — «красавица», «щеголиха». Таким образом, фамилия могла быть прозвищем: так называли либо опрятного, статного человека, либо того, кто любил прихорашиваться, следил за внешностью.

Суффиксальная модель в этом случае не работает так, как в русских фамилиях на -ов или -ин. В латышской ономастике фамилии часто оканчиваются на -с, -ис, -ус, но в русской записи конечный согласный мог отпасть или измениться. Лилеп — это, скорее всего, русифицированная или сокращённая форма исходной латышской фамилии. Полный вариант мог звучать как Лилепис или Лилепс, но в документах XIX века, когда латышских крестьян массово записывали в метрики, окончание могли отсечь или упростить при переводе на русский язык.

География фамилии тоже подтверждает её балтийское происхождение. Основная масса носителей Лилеп встречается в Латвии, особенно в исторических регионах Курземе и Земгале, а также среди латышской диаспоры в России и странах Балтии. В России фамилия редкая, и если она встречается, то почти всегда указывает на латышские корни предков. Социальный контекст простой: в XIX веке латышские крестьяне получали фамилии от помещиков или сами выбирали прозвища по характерным чертам. «Лилеп» — типичный пример прозвища по внешности, без связи с ремеслом или местностью.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Лиле, Лилепс, Лилепис — показывает, что все они восходят к одному корню. Но именно форма «Лилеп» без конечного -с — результат адаптации в русскоязычной среде. Если ваши предки носили эту фамилию, то, скорее всего, они были выходцами из латышских крестьянских семей, и прозвище досталось им за красоту или опрятность. Никаких других версий, вроде финно-угорских или немецких корней, для этой фамилии нет — этимология прозрачна.