Фамилия Лилеин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Лилеин образована от прозвища Лилея. Это название рода растений из семейства Лилейных. В России насчитывается до 16 видов Лилей, из которых в Европейской части России, почти до широты Казани, а в Сибири до самой Камчатки, распространена Лилея саранка, называемая в садоводстве царскими кудрями. Облиственный, довольно высокий стебель несёт несколько крупных, поникших цветов мутно-розового цвета, без аромата и с сильно отвороченными покроволистиками. Луковица растения употребляется в пищу. Исходя из этого, можно предположить, что предок обладателя фамилии Лилеин занимался выращиванием или продажей этих растений. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Лилея, со временем получил фамилию Лилеин. О точном месте и времени возникновения фамилии Лилеин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Лилеин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.