Фамилия Лилеев — редкий пример, где внешняя «цветочная» форма обманчива. На слух она почти сливается с «Лилеев» от «лилия», но историческая основа здесь иная: корень не цветочный, а личный. Фамилия образована от крестильного имени Лилей (каноническая форма — Галилей, но в народном произношении оно часто усекалось). Имя Галилей, в свою очередь, восходит к прозвищу «галилеянин» — житель Галилеи, области в Палестине. В русской традиции, особенно в среде духовенства, семинаристам нередко давали фамилии по евангельским топонимам или именам апостолов, так что Лилеев могла возникнуть именно в семинарской среде как «учёная» фамилия. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Лилея» или «из рода Лилея». Есть и более прозаичная версия: в некоторых говорах «лилей» означало не только растение, но и бледного, болезненного человека — прозвище по внешности. Однако первая гипотеза выглядит надёжнее: фамилия стабильно встречается в документах XIX века среди выпускников духовных училищ, особенно в центральных губерниях. Географически Лилеевы рассеяны, но заметная концентрация — в бывших Рязанской и Тамбовской губерниях, где духовные школы давали много таких «библейских» фамилий. Родственных по модели фамилий много: Лилеев, Лилин, Лилейкин — но все они расходятся по значению. Если ваш предок был Лилеев, с высокой вероятностью он происходил из среды сельского причта или учительства.