Фамилия Лилекова — редкий случай, когда в основе лежит диалектное слово, почти утраченное в современном языке. Скорее всего, она образована от прозвища Лилек, а то, в свою очередь, от глагола «лилекать» — так в некоторых северных и сибирских говорах называли лепетать, говорить невнятно или по-детски. Человек, которого в деревне прозвали Лилеком, мог быть косноязычным, картавым или просто любителем пустой болтовни. Суффикс -ов- в окончании указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Лилеков — сын Лилека, а Лилекова — женская форма той же фамилии.

Есть и другая, менее очевидная версия. В русских говорах слово «лилёк» фиксировали как название рыбы — мелкого подлещика или ерша. Тогда прозвище могло пристать к рыбаку, который славился ловлей именно этой мелочи, либо к невысокому, щуплому человеку — по аналогии с некрупной рыбой. Оба варианта правдоподобны, но первый, основанный на речевой особенности, встречается в ономастике чаще: прозвища по манере говорить давали охотнее, чем по размеру улова.

Фамилия явно недворянская: суффикс -ов и отсутствие -ский выдают крестьянское или мещанское происхождение. Географически она тяготеет к Вологодской и Архангельской областям, где диалект «лилекать» был в ходу. В документах XIX века Лилековы встречаются среди государственных крестьян северных уездов, но массового распространения фамилия не получила — сегодня она остаётся редкой, и большинство её носителей, скорее всего, потомки одной или нескольких семей из одного региона.

Интересная деталь: фамилия Лилекова не имеет ничего общего с цветком лилией или именем Лилия. Это народное, бытовое прозвище, и попытки связать её с «лилейным» — ошибка, основанная на случайном созвучии. В старых переписях она могла записываться как Лилеков, Лиляков или даже Лиликов — из-за неустойчивости гласной в безударном положении, но корень всюду один и тот же.