Фамилия Лилья — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с исконно славянскими корнями. В русской среде фамилия могла возникнуть из прозвища, но гораздо вероятнее, что она пришла извне — из шведского, финского или эстонского языков, где слово «lilja» означает «лилия». В скандинавских и прибалтийских странах это распространённая фамилия, часто образованная от названия цветка как символа чистоты или от женского имени Лилия. Если предки носителя фамилии были выходцами из Финляндии, Швеции или Эстонии, то фамилия могла быть записана при переселении в Российскую империю без изменений, как и звучала.

Однако стоит рассмотреть и русскую версию. В говорах северо-запада России, особенно в Псковской и Новгородской областях, слово «лилья» могло быть вариантом слова «лилия» — с диалектным смягчением или народной этимологией. В таком случае фамилию могли дать либо по названию цветка, либо как прозвище красивому, статному человеку. Но здесь важно замечание: фамилии на -ья, -я в русском языке нетипичны для крестьянской среды (обычно они оканчиваются на -ов, -ин или -ский). Форма «Лилья» — это скорее застывшая основа, что указывает на её нерусское происхождение: в финском и эстонском фамилии часто не имеют суффиксов, а просто передают слово.

Морфологически фамилия не содержит типичных русских суффиксов (-ов, -ев, -ин), что сразу выделяет её из ряда. Это либо позднее заимствование, либо офамиливание прозвища, которое не склонялось по падежам в исходном языке. В России такие фамилии чаще встречались среди обрусевших немцев, шведов или финнов, а также в дворянских родах, где сохраняли иностранное написание. Например, в истории известен шведский род Лилья, представители которого служили в России, но массового распространения фамилия не получила.

Географически фамилия Лилья встречается крайне редко. Основные очаги — Санкт-Петербург и Ленинградская область, где исторически жили финны-ингерманландцы, а также Прибалтика. В центральной России фамилия почти не фиксируется. Если ваш предок носил фамилию Лилья в XIX веке, скорее всего, он был либо лютеранином из прибалтийских губерний, либо выходцем из Финляндии, переехавшим в столицу. Спорных версий здесь немного: альтернативная гипотеза о связи с литовским словом «lilė» (кувшинка) маловероятна, так как литовские фамилии обычно имеют суффиксы -ите, -ус и т.д.

Таким образом, фамилия Лилья — это не про ремесло или отчество, а про природный образ или географическое происхождение. Для её носителя это почти всегда указание на северные корни семьи, а не на русскую крестьянскую традицию.