Фамилия Лилия — редкий случай, когда фамилия совпадает с названием цветка. Однако, в отличие от «Розовых» или «Гвоздик», происхождение здесь не такое прозрачное, как кажется. Прямое прозвище по цветку в русской среде маловероятно: в народе лилию называли «сарана», «царские кудри» или «крин» (от греческого). Поэтому первая и самая правдоподобная версия — это искусственное происхождение фамилии, данное в духовных училищах или семинариях в XVIII–XIX веках. Семинаристам часто меняли бытовые фамилии на «цветочные» или «растительные» по церковному календарю или просто ради благозвучия. Лилия — символ чистоты и Богородицы, так что фамилия могла быть дана ученику с «мирской» фамилией вроде Грязнов или Пьянков, чтобы скрыть неблагозвучное прошлое.

Вторая версия, более редкая, — это адаптация иноязычной фамилии. В западных областях Российской империи (Польша, Беларусь, Украина) фамилия Lilia могла возникнуть от женского имени Лилия, которое в католических регионах давали в честь святой. Либо как прозвище за кроткий нрав или светлые волосы. Но для русского севера и центра такой путь нехарактерен.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: у неё нет суффикса -ов/-ев, -ин или -ский. Это так называемая «чистая» фамилия, застывшая в форме существительного. В русской ономастике такие фамилии (Сорока, Соловей, Береза) обычно указывают на прозвище, но для «Лилии» прозвищный путь слаб, потому что цветок был книжным, а не крестьянским. Сравните с фамилией Роза: она встречается чаще, но тоже в основном в среде духовенства и мещанства.

География фамилии сегодня размыта: носители есть по всей России, но с заметной концентрацией в южных регионах (Краснодарский край, Ростовская область) и в крупных городах. Это подтверждает версию о позднем, «кабинетном» происхождении: фамилия не уходила корнями в одну деревню, а расселялась вместе с выпускниками семинарий, которые становились сельскими священниками и разъезжались по епархиям.

Есть и третья, маргинальная гипотеза: что фамилия восходит к тюркскому имени Лили (с ударением на последний слог), означающему «драгоценный камень» или «жемчужина». Но для этого нет серьёзных лингвистических оснований: русская фамилия Лилия пишется и произносится с ударением на первый слог, что исключает тюркский след.

Итог: если вы носите фамилию Лилия, скорее всего, ваш предок учился в духовном училище и получил «цветочную» фамилию при поступлении. Это не древняя родовая фамилия, а книжное творчество XIX века.