Фамилия Лилиа — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели русских фамилий, образованных от крестильных имён или прозвищ с помощью суффиксов -ов, -ев, -ин. Её происхождение, скорее всего, не русское, а книжное или западноевропейское.

Самый прямой путь — от женского имени Лилия (через латинское lilium). В этом случае фамилия Лилиа могла появиться в среде духовенства. Семинаристам в XVIII–XIX веках нередко давали «говорящие» фамилии по названиям цветов, растений или библейских понятий — так возникали Розы, Фиалковы, Лилины. Форма Лилиа без окончания -ин или -ов встречается реже, но возможна как искусственное образование, особенно в юго-западных епархиях или в среде униатского духовенства, где латинизированные окончания были привычнее.

Другая версия — итальянское или румынское происхождение. В Италии фамилия Lilia (от имени Lilia, уменьшительного от Liliana) известна, хоть и не массовая. В румынском языке слово „liliac“ означает «сирень», а Lilea — топоним в Молдове. В XIX веке носители таких фамилий могли попасть в Российскую империю через Бессарабию или Одессу, где оседали греки, итальянцы и румыны. Тогда фамилия Лилиа — не переосмысленное русское прозвище, а принесённое переселенцами родовое имя.

Есть и маловероятная, но формально возможная гипотеза: от древнерусского прозвища Лило (от глагола «лить» или «лелеять») с добавлением окончания -иа по аналогии с греческими заимствованиями. Но эта версия не подтверждается ни источниками, ни географией фамилии — в старых переписных книгах такая форма не встречается.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: в ней нет суффикса, характерного для русских фамилий. Финал на -иа — типичный для женских имён и для фамилий латинского или греческого образца. В русской среде это почти всегда указывает на искусственное, семинарское или иноязычное происхождение.

География фамилии Лилиа, по современным данным, крайне узкая. Единичные носители встречаются на юге России (Краснодарский край, Ростовская область) и в Москве. Это говорит о том, что фамилия не разошлась широко по стране и не прошла через массовую адаптацию в крестьянской среде. Скорее всего, её носители — потомки либо священнослужителей, получивших фамилию в семинарии, либо мигрантов из Южной Европы.

Таким образом, если ваши предки были священниками или выходцами из Бессарабии, фамилия Лилиа могла сохранить своё исходное значение — «лилия» как символ чистоты или как календарное имя. Если же корни ведут в итальянскую или румынскую диаспору, то это просто фамилия, образованная от женского имени, без дополнительного символического подтекста.