Фамилия Лилифа — редкий случай, когда корни ведут не в славянскую, а в немецкую речь. Её основа — сложение двух немецких слов: Lilie (лилия) и Farbe (цвет). Дословно прозвище могло означать «лилейный цвет» или «цвета лилии». Скорее всего, так называли человека за внешность — бледную кожу или светлые волосы, напоминающие оттенок лепестков.

Самая интересная деталь этой фамилии — как она изменилась на русской почве. Исходное немецкое сочетание Lilienfarbe (Лилиенфарбе) было слишком длинным и неудобным для русского уха. В процессе русификации произошло усечение основы: выпало сочетание РБ, и фамилия превратилась в компактную «Лилифа». Такое усечение — типичный признак обрусевших немецких фамилий: язык «отрезал» лишнее, оставив узнаваемый корень лили- и короткое окончание.

По модели образования фамилия относится к группе «говорящих» прозвищ, которые давались без суффиксов, напрямую. В России её носители — потомки немецких колонистов или мастеров, приглашённых в XVIII–XIX веках. Встретить фамилию можно в тех регионах, где исторически селили выходцев из Германии: Поволжье, юг Украины, Петербургская губерния. Из-за редкости и необычного звучания Лилифа почти не имеет вариантов написания — она закрепилась именно в таком виде после окончательной адаптации.