Фамилия Лилиева — женская форма, а мужская, Лилиев, встречается реже, но именно от неё и нужно отталкиваться при разборе. С первого взгляда кажется, что корень здесь «лил-» (от имени Лилия или цветка), но это лишь одна из версий, причём не самая древняя.

Словообразовательная модель указывает на суффикс «-ев», типичный для русских фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или «й». Основа «Лил-» могла восходить к имени Лилия, которое вошло в обиход у русских довольно поздно — в XIX веке, когда в дворянской и городской среде стали модными «цветочные» имена. Если предок получил фамилию от имени Лилия, то Лилиев — это «сын Лилии», что для крестьянской среды XVIII века звучит маловероятно: цветочные имена тогда давали редко, чаще в монашестве или в семинариях.

Гораздо правдоподобнее другая версия: фамилия связана с прозвищем или мирским именем Лиля. В русских говорах «лиля» — диалектное слово, означавшее «неженка», «изнеженный человек» или «баловень». В словаре Даля встречается глагол «лилить» — «нежить, баловать, холить». Прозвище Лиля могли дать ребёнку, которого сильно опекали, или взрослому, любившему комфорт и мягкую жизнь. От такого прозвища и пошла фамилия: Лиля → Лилин сын → Лилиев.

Есть и третий, более редкий вариант: фамилия могла возникнуть от топонима — названия населённого пункта вроде Лилино или Лилиевка. Такие деревни встречаются в центральной России и на Украине. В этом случае фамилия указывает на выходца из этих мест, но географическая привязка требует уточнения по конкретному региону.

Что касается сословного происхождения, то фамилии на «-ев» с прозвищной основой чаще всего носили крестьяне и мещане. Дворянская ветвь Лилиевых могла существовать, но документальных подтверждений массовой известности этой фамилии в родословных книгах нет. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном характере — скорее всего, она закрепилась в одной-двух губерниях.

Таким образом, Лилиева — фамилия с прозрачным, но неоднозначным корнем. Самый вероятный её источник — прозвище Лиля, данное изнеженному или холёному человеку. Версия с именем Лилия возможна, но хронологически менее убедительна.