Фамилия Лиликина звучит на слух как уменьшительно-ласкательная, и это ощущение не обманывает. Её основа — не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище или вариант имени, пропущенный через народную языковую обработку. Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Лиликин — сын или потомок человека по прозвищу Лилика.

Самое очевидное, что приходит в голову, — связь с цветком лилией. Однако в русской ономастике прямые «растительные» фамилии (Роза, Ромашка) чаще встречаются в искусственной, семинарской среде, а в народе — редки. Куда вероятнее, что Лилика — это разговорная, «домашняя» форма какого-нибудь крестильного имени. Например, от имён Илья (Ильич, Илька — через чередование согласных могло дать Лилика) или Лидия (Лида, Лиля, Лилика). В северных и вятских говорах любили «перекраивать» имена на свой лад, добавляя суффиксы -ик, -ика, так что Лилика могло быть ласковым прозвищем для Лидии, а то и для Елисея (в форме Елиска).

Есть и другая, более прозаичная версия. В некоторых русских говорах «лиликать» означало «причитать, плакать, голосить» — звукоподражательное слово, похожее на «лиликать» (от «ли-ли»). Тогда Лиликой прозвали плаксивого ребёнка или женщину, склонную к причитаниям. Прозвища по поведению в деревнях давали легко и охотно, они закреплялись за родом.

Фамилия Лиликина — редкая, с явным «женским» окончанием (в исходной мужской форме — Лиликин). Географически её можно встретить в Поволжье и на Урале, где любили такие «усечённые» и суффиксальные формы. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами: фамилии на -ин в этой среде — норма, а вот дворянские роды с такой основой почти не встречаются. Споров о происхождении немного: все версии укладываются в народную языковую традицию, без экзотических заимствований.